В блоге NVIDIA вышла запись о рекордном по скорости секвенировании ДНК. Геном пациента удалось полностью расшифровать за 5 часов и 2 минуты. До этого подобные операции требовали дней и даже недель. Наука доказала, что вплотную приблизилась к возможности расшифровывать генетическую информацию едва ли не в режиме реального времени, что позволит бороться с заболеваниями и спасать жизни людям.

Сообщается, что рекорд был установлен исследователями из Стэнфордского университета при участии NVIDIA, Oxford Nanopore Technologies, Google, Медицинского колледжа Бейлора и Калифорнийского университета в Санта-Круз. Сам эксперимент был проведен больше месяца назад при секвенировании ДНК 12 пациентов. Статья о работе вышла на днях в журнале The New England Journal of Medicine. Официальное утверждение рекорда также состоялось на днях в Инженерном центре Стэнфордского университета имени Дженсена Хуанга (Jensen Huang), названном в честь основателя и генерального директора NVIDIA, выпускника Стэнфорда.

Исследователи добились рекордной скорости благодаря оптимизации каждого этапа рабочего процесса секвенирования. Они использовали высокопроизводительное нанопоровое секвенирование на проточных ячейках PromethION компании Oxford Nanopore для получения более 100 гигабаз данных в час (гигабаза — это один миллиард нуклеотидов), а также ускорили поиск оснований и вариантов с помощью графических процессоров NVIDIA в Google Cloud. Для пятерых пациентов секвенирование ДНК прошло в течение обычного рабочего дня (за 7–8 часов), а для одного заняло рекордно короткое время в 5 часов и 2 минуты.

«Я думаю, мы единодушны в том, что это не что иное, как чудо, — сказала Кимберли Пауэлл (Kimberly Powell), вице-президент по здравоохранению в NVIDIA. — Это достижение, которое войдет в книги истории и вдохновит еще 5–10 лет фантастической работы в революции цифровой биологии, в которой геномика занимает ведущее место».


Источник: 3dnews.ru